داستان سریال مختار به صورت موازی کارش را پیش از واقعه عاشورا آغاز می کند و قصد دارد نیم نگاهی از فضای سیاسی و اجتماعی عصر امام حسن و مظلومیت و تنهایی ایشان ارائه کند. ارائه تصویری از فضای اجتماعی آن عصر بسیار مهم می باشد زیرا به ما کمک می کند با مصالح زمانه و چالش های امام حسین در رهبری و مدیریت مردم آشنا شویم.
رفته رفته نقش مختار به عنوان شخصیت اصلی پررنگ تر می شود تا اینکه مسلم به عقیل و پس از او عبیدالله بن زیاد وارد کوفه می شوند. مختار در این بخش از داستان نقشی نسبتا ختثی دارد. همانطور که مسلم در حال بیعت با مردم است عبیدالله با تزویر و طلاهای شامی بیعت مردم را سست کرده و کوفیان را محبور به بیعت شکنی می کند.
این بخش از سریال با شهادت مسلم به عقیل و به زندان افتادن عده ای از یاران (ع) تمام می شود. پس از این بخش سریال چند ماهی به جلو حرکت می کند. مختار در تدارک لشکری به بیرون از کوفه رفته است اما دیگر خیلی دیر شده و امام حسین و یارانش در نینوا به شهادت رسیده اند.


