اتفاقات بازی Batman Arkham Knight بعد از وقایع آرکم سیتی (Arkham City) اتفاق می افتد. یک سال بعد از مرگ جوکر، بتمن که در نبود رقیب همیشگی خود دوباره به میدان بازگشته است. در این حال جمعی از دشمنان اصلی بتمن، یعنی Two-Face، Penguin و Harley Quinn نیز این فرصت را پیدا کرده اند که هر یک به دلیل خاص خود، باهم دیگر علیه بتمن متحد شوند. اما تهدید دیگری نیز متوجه شهر گاتام است.
Scarecrow (مترسک) در شب هالووین، با گاز و بمب های ترس جدید خود، شهر را مورد تهدید قرار می دهد. این اتفاق باعث خارج شدن ۶ میلیون نفر از شهر گاتام می شود و حال بتمن به همراه پلیسی که تعداد نیروهایش به شدت کم شده است، باید گاتام را که از خلافکاران پر شده است، نجات دهند. ولی همه چیز به این جا ختم نمی شود. بتمن، حال باید با دشمن جدیدی رو به رو شود.